En perte de vitesse, Audi se retire du championnat à l’aube des années 1990, et concentre ses efforts sur le championnat DTM qu’il remporte en 1990 et 1991.
En 1999, Audi lance un programme pour les 24 Heures du Mans en partenariat avec le Joest Racing. La première participation est satisfaisante (3e et 4e position), puis Audi revient en 2000 avec une voiture modifiée, la R8. Le constructeur domine la course, ses trois machines occupant confortablement les trois premières places. Audi confirme sa domination sur l’épreuve mythique mancelle en reportant également les 24 Heures du Mans 2001 et 2002, puis, par le biais d'équipes privées, les 24 Heures du Mans 2004 et 2005.
En 2006, Audi revient officiellement avec une nouvelle machine, la R10, équipée d’un moteur Diesel TDI. Elle s’impose en 2006, 2007 et 2008, mais doit bientôt faire face à une rivale de taille qu’est la Peugeot 908. Audi lance alors la R15 en 2009, mais celle-ci ne peut faire mieux qu'une 3e place. En 2010, les Audi manquent encore de vitesse, mais fiables, elles signent un nouveau triplé. Une nouvelle voiture est lancée en 2011, la R18, qui signe elle aussi une nouvelle victoire après un extraordinaire duel avec les Peugeot 908 (2011).
En 2012, Peugeot se retire en janvier pour manque d'argent. Cette situation laisse donc la place libre à Audi, car son seul concurrent est Toyota qui arrive pour la première année au 24 Heures du Mans. C'est un nouveau triomphe pour la marque au quatre anneaux avec un triplé de ses Audi R18 e-tron (1er et 2ème place) et d'une Audi R18 Ultra (3ème). C'est aussi la première victoire au 24 Heures du Mans d'un véhicule propulsé par un moteur hybride (diesel et électricité)2. En 2013, Audi gagne de nouveau, mais avec beaucoup plus de difficulté face à Toyota qui termine 2ème et 3ème3.
En parallèle, Audi a remporté à plusieurs reprises les Le Mans Series (en 2004 et 2008), les American Le Mans Series (de 2000 à 2008), ainsi que le championnat pilote DTM (en 2002, 2004, 2007, 2008, 2009, 2011 et 2013) et le championnat constructeur DTM (2004, 2007 et 2011). Audi est aussi champion pilote et constructeur du WEC (championnat du monde d'endurance) de 2012 et 2013. Wikipedia